A fragmentação do habitat, principalmente quando por causas antrópicas, pode influenciar na variabilidade genética das espécies, em especial sobre as populações isoladas em pequenos fragmentos, resultando na redução do tamanho populacional e da capacidade de dispersão. O Parque Estadual das Fontes do Ipiranga (PEFI) é o maior fragmento de Floresta Atlântica inserida na Região Metropolitana de São Paulo. Por ser uma área isolada em ambiente urbano, sofre efeito insular e está sob pressão antropogênica que gera impactos negativos para a biodiversidade local. Dentre as espécies silvestres, o bugio-ruivo (Alouatta guariba clamitans) é o único primata autóctone. Partindo da hipótese de que a população isolada de bugios do PEFI é endogâmica e apresenta baixa diversidade genética, foram utilizados 10 loci de marcadores microssatélites heterólogos para avaliar a diversidade genética, coeficiente de endogamia, gargalo populacional e informações iniciais sobre a estrutura populacional e parentesco. Para isso, foi efetuado a
extração de DNA e genotipagem de amostras de sangue de 30 animais capturados. Como resultados foram encontrados 49 alelos com média de 4,9 alelos por loco, sendo 2,95 o número efetivo de alelos, riqueza alélica média de 4,73, Ho média de 0,49 e He média = 0,58. Foi observado déficit de heterozigotos e o coeficiente de
endogamia Fis foi 0,16, indicando a ocorrência de endocruzamento. O teste de correlação de Pearson e a análise de variância (ANOVA) foram utilizados para analisar a relação entre a distância geográfica dos animais capturados e a distância genética obtida através na análise de parentesco e, com base nos resultados obtidos, observou-se uma maior proximidade de machos adultos aparentados do que de machos adultos não relacionados. O teste de redução populacional não detectou gargalos populacionais recentes. Entretanto, apesar da ausência de gargalos e da moderada diversidade genética encontrada, a população de bugios do PEFI apresentou média considerável de coeficiente de endogamia e diversidade genética inferior a outras populações isoladas.